Przygotowywanie leków w aptekach szpitalnych wymaga precyzji i wysokiej efektywności. Farmaceuta jest odpowiedzialny za bezpieczne przygotowanie leków. Końcowy preparat musi mieć prawidłową dawkę i objętość, odpowiednie rozcieńczenie, a także właściwy pojemnik oraz oznakowanie. Wymaga to dokładności na wszystkich etapach procesu - od zamówienia i kontroli jakości dostarczonych produktów, poprzez przygotowanie, walidację, etykietowanie, aż po dokumentację i wiele innych czynności.

Różne terapie wymagają różnych rodzajów leków, często dostosowanych do indywidualnych potrzeb pacjenta. Oprócz sporządzania mieszanin lekowych, częstą procedurą wykonywaną przez farmaceutów szpitalnych jest przygotowywanie roztworów do żywienia pozajelitowego. Proces ten może być realizowany manualnie lub w sposób zautomatyzowany.